カタユウレイボヤ（Ciona intestinalis）は生物学において発生のモデル生物として用いられる。ホヤは発生学の材料として古くから用いられてきたため、その分野での知見が蓄積されている。また2002年にはドラフトゲノム配列が決定された（Dehal et. al.,）。動物としては7番目となる。さらに近縁種のユウレイボヤ（C.savignyi）でもゲノムプロジェクトが行われている。

ホヤの属する脊索動物門には我々ヒトを含む脊椎動物亜門が含まれている。従ってホヤの発生を研究し、脊椎動物と比較することで、脊椎動物の発生と進化を知る手がかりが得られると期待されている。ホヤの遺伝子数は脊椎動物の約半分と考えられており、発生様式も比較的単純であるという、実験動物としての利点を持っている。