1524年にスペイン人エルナン・コルテスの部下ペドロ・デ・アルバラードがこの地を征服しようとした。インディヘナは一度スペイン人を打ち負かし、グアテマラに撤退させるが、1525年に再びやってきたアルバラードの攻撃により、ベルムーダ市はサンサルバドル(聖救世主)市と改称された。その後1528年にはエル・サルバドルのほぼ全域が征服された。

スペインの支配に入るとグアテマラ総督領の一部として管理のもとにおかれ、農業や牧畜業が営まれたが、中米の中ではグアテマラと並び開発された地域だった。